Στη θέση που βρίσκεται σήμερα το Συνεδριακό Κέντρο Πέτρου Μ. Νομικού, υπήρχε ένα νεοκλασσικό Αρχονικό με χαρακτηριστικό κόκκινο χρώμα, γνωστό ως "Τα Κόκκινα Σπίτια", χτισμένο στις αρχές του αιώνα. Είχε φθαρεί ανεπανόρθωτα από τον σεισμό του 1956 και έπρεπε να κατεδαφιστεί. Ανήκε σε εξέχουσα οικογένεια της Σαντορίνης η οποία είχε εγκαταλείψει το νησί. Τα τουνέλια πίσω από την κύρια αίθουσα συνεδρίων, ήταν υπό κατάρρευση. Ήταν η κάναβα της οικογένειας, το οινοποιείο της και το μέρος αποθήκευσης του κρασιού. Το Αρχοντικό ανακαινίστηκε ως Συνεδριακό Κέντρο, διατηρώντας ωστόσο την αρχιτεκτονική του και τα παραδοσιακά του χαρακτηριστικά, τουλάχιστον εξωτερικά. Ο σχεδιασμός έγινε από τον αρχιτέκτονα Δημήτρη Κουτσουδάκη και η κατασκευή και επισκευή από τον ντόπιο εργολάβο Παναγιώτη Ρούσσο. Η εντυπωσιακή οροφή της κύριας αίθουσας με μοτίβα του Ακρωτηρίου ζωγραφίστηκε από τον εικονογράφο Ανδρέα Αβδελόπουλο. Ο ιδιοκτήτης του Συνεδριακού Κέντρου κύριος Πέτρος Μ. Νομικός ανέλαβε προσωπικά την ευθύνη και την δαπάνη για την ανακαίνηση, ίδρυση και λειτουργία του Συνεδριακού Κέντρου. Το Συνεδριακό Κέντρο Πέτρου Μ. Νομικού εγκαινιάσθηκε το 1989, με το 3ο Διεθνές Αρχαιολογικό Συνέδριο που οργάνωσε το Ίδρυμα Θήρας - Πέτρος Μ. Νομικός, με τίτλο "Η Θήρα και ο κόσμος του Αιγαίου".